失去了最高领袖，所有义军都显得凌乱无助。但休比早已设计好了自己出现意外后的计划，所以义军很快便整顿完毕，随时准备向第二层进军。
通往第二层的阶梯无比寂静，它的尽头黑暗无际。何怀瑾隐隐约约能看见那里有着一扇已经开启的机械门。待所有义军进入后，这扇机械门迅捷地关上了。
房间内的灯全部打开了。在众人的眼前，一个犹如山岳般高大的巨型机器正屹立在地面上，任何人都没想到这竟然是一个武器！
“各位，这是巨神兵，义军的最高科研成果，可惜被阿尔忒掠夺到这里了”
代理领袖诺曼向所有人稍作解释道。诺曼是个眉目清秀的少年，他总是闪烁着自信的眼睛正扫视过每个人的脸。
“休比的损失是此程最大的噩耗，但我想说，我们要与巨神兵作战将是更大的噩耗。我们无路可退，有命则逝去，至死为结局。战无不胜，向死而生，以上。”
诺曼抽出自己的光剑，直面已经被完全启动的巨神兵。
这是一座可以称之为建筑的武器。它的顶部是一口巨炮，口径约为二十米。整体长为五十米，宽十米，高三十米，俨然与建筑的数据无异。在巨炮之下，是制作精密的合金装甲与无数细小的机枪与导弹发射器。在其内部，有着成熟的生态更新系统，可搭载至少五百人在内生活。地下配置重达三千吨火箭推动器，可以短暂升空并寻找机会与敌人同归于尽。这样一个恐怖的战争机器，竟然也被阿尔忒的部队完好无损地攻下，何怀瑾对义军的实力感到深深地怀疑。
那硕大的炮管已经开始闪起亮光。就在这时，一个机械音在房间中散布开来:“放弃你们的抵抗，重复，放弃你们的抵抗。一小时后，我们将对不夜城进行全覆盖轰炸，如果你们愿意加入我们，这项行动或许可以暂停。”
诺曼脸色很差地摇了摇头，高声喊道:“这是个骗局。”
“你无计可施，已经卑劣到凭借谎言拉拢人类援军了么？可怜的叛军？”
来源于巨神兵内部的声音带有强烈的嘲讽意味。
“全体，准备作战！”
诺曼故作镇定地挥动光剑，示意开始对巨神兵的讨伐。剩下的十七名人类义军，当然这里面包括洛洛伊，看上去竟没有任何反常的举动。
诺曼看着这些义军，长长舒出一口气。下一刻，又有十几名机凯种义军从一层前来支援。巨神兵不再沉寂，它倾泄出无尽的子弹，二层的地面瞬间变得千疮百孔。所幸巨神兵附近有着庞大的维护装置，它可以作为掩体抵挡一定的攻击。
爆炸，所视之处皆有那火红的热光。震耳欲聋的怒吼从那无数炮管中奔腾而出。数名机凯种义军将炸弹安放在巨神兵的入口处，但很可惜，它几千度的高温也没能破坏这种神秘合金的外壳。
“主机对那里进行了新的强化，我们需要更多的炸弹。”
诺曼对身后的人类义军们说道。话音刚落，他们附近的地面突然出现了红色预警，五发飞弹迅速落地造成爆炸。它的爆炸半径为五米，诺曼凭借空间折跃成功带走了一名人类义军，而剩下的两位也成功利用战术翻滚躲开了这次攻击。
权限塔外的战斗已经逐渐平息，能源之城恢复了往日的寂静。只有角落里，还偶尔会爆裂出炫目的火光，那是没能及时撤退的机凯种部队正在和义军交战。
所有空闲的机凯种义军都在快速赶往第一权限塔，这是最后的斗争。曾带给他们无数灾难与厄运的指挥官阿尔忒已经消失，他们有信心一鼓作气推翻主机的政权。
就这样，仅剩的几十名机凯种义军前仆后继地赶来二层支援，他们不顾自己的损失，竭尽所能地设法安放炸弹。诺曼看着又一名机凯种在爆炸中消失殆尽，脸色落寞地自言自语:“还剩二十八机。”
然而，位于三层的主机似乎发觉了巨神兵力量的不足，它加大了对巨神兵能量的输入。就这样，巨神兵释放出巨大的吸引力，那些无比沉重的掩体都被拉至巨神兵附近，在即将靠近这个庞然大物时又被突然击退至二层边缘。这样的举动反反复复，诺曼都险些在重物的运动下被砸中毁坏。
人类义军仅剩十四人，因为又有三人在吸引力运动下被砸中死亡。在如此绝望的情况下还有一个好消息，那就是巨神兵的入口终于被打通了。此时，机凯种义军仅剩十二机。
随着诺曼的率先冲锋，十四名人类义军加十二名机凯种义军发动了悲怆的总攻，他们进入这犹如建筑般复杂的迷宫中直捣黄龙。在紧张的追逐战后，诺曼带领义军找到了操纵室。轻易俘虏里面的十几名驾驶员后，巨神兵终于停止了运转。