太和四年（369）二月，为了提高威望，东晋大司马桓温帅五万大军北上伐前燕。九月燕帅慕容垂败桓温于襄邑，晋军损兵三万，逃兵无数。温败走谯时，只剩千骑追随。
桓温掾属谢玄私自上书向朝廷请派援兵。中原大地百年征战，衣冠南渡，早已四方闲田荒芜，人丁稀少。这诺大的朝廷竟然无兵可派！战乱初起时，晋庭国库空虚，只得加收地税，农民不堪重负。大土豪、大乡绅趁机以稍低于朝廷的田租吸引四方民众依附。于是私家渐大，有人便有兵，为求自保各大家组家兵，称“部曲”，筑高墙防御，称“坞堡”。
时侍中王坦之建议由东海王世子司马南领江湖豪杰前去救援。司马南得旨号召徐杨两州豪杰共举义旗。响应的有徐杨两州三大坞堡堡主：扬州赵身先、扬州苏祐、徐州江无望，以及在江家做客的荆州纪从归和纪家少主纪书竹。另外响应的还有一众小坞堡。共集齐七千余众在谯南二百里汇合桓温残部，护其退回山阳。经此一战桓温名望受损。
途中纪书竹少年英杰在千钧一发之时救了桓温性命，但在断后中不幸被暗箭射中，落入涡水，下落不明。回国后，桓温上书朝廷罪责此战中延误战机的袁真、邓遐等人。皇帝下旨捉拿几人全家上京治罪。温再上书为纪家请命，皇帝赐纪家军名号：义勇。
十月，袁真、邓遐据寿春反晋。桓温派兵平叛，震之。袁真向燕、秦求救。燕国拜他为征南大将军、宣城公。
十一月前燕国慕容垂受慕容评陷害携众亲属逃至前秦。秦王苻坚封他为冠军将军、宾徒侯。次月遣王猛领慕容令伐燕。王猛不信慕容垂是久居他人之下之人，设“金刀计”杀慕容垂父子。两人中计。留在长安的慕容垂不得不率众逃走。后垂被抓回前秦，但因苻坚庇佑，赦免其私逃罪，一切待遇照旧。其子慕容令回燕投靠叔父慕容德，后因不受信任被德杀死。可以说，慕容令死于王猛之手。
太和五年（370年）十一月，邺城破，前燕皇帝慕容暐、太傅慕容评、大司马慕容冲、清河公主慕容嫣等皇亲被俘，送入长安。男子各自封官加爵，女子充入秦王苻坚后宫。
是年十二月，为保京城长安的繁荣，加速胡汉融合，在王猛的建议下，苻坚下令迁邺城四万户百姓于长安。
咸安元年（371年）正月，桓温再伐寿春，破之。将袁真之子袁谨及其宗族诛灭。
四月，前秦灭仇池。
同年十一月，桓温为了弥补伐燕时受损的声望，听从参军郗超的建议，效仿西汉霍光以皇帝司马奕不能生育为由，废为西海公，改立司马昱为新帝。继而为排除异己，在晋国土地上南征北战。希望在政治道路上再进一步。
十二月，各国连年征战人口稀少，前秦亦不例外。统一北方之后，苻坚立志改革内政，恢复农桑，促进经济发展。农桑人丁方面有了之前的经验，苻坚再下令迁关东（今蓝田、商洛、三门市一带）十五万户百姓于关中（宝鸡到西安一带）地区。经济方面，苻坚大力支持通商，对商人往来采取优厚政策。
至此近三年间，长安至洛阳一带百姓迁徙平常，有致不愿迁徙者痛失家园。而晋国荆州、广州一带百姓却因内乱流离失所。
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